Чистая вода, чистый лист, чистая комната - употреблены в прямом значении.
Чистое золото, чистое небо, чистое произношение, чистая душа.
Чистая вода, то есть не мутная и не грязная а прозрачная. Чистый лист, то есть не исписанный и не испачканный. Чистая комната, то есть убрана и нет мусора и разбросанных вещей.
Чистое золото, то есть настоящее, не подделка. Чистое произношение, то есть четкое произношение звуков, без картавости. Чистая душа, то есть человек с чистой душой, человек, который не врет и не делает плохих и злых дел, говорит правду.