Считается, что как этнос манси сложились в результате слияния местных племён уральской неолитической культуры и угорских племён, двигавшихся с юга через степи и лесостепи Западной Сибири и Северного Казахстана. Двухкомпонентность (сочетание культур таёжных охотников и рыболовов и степных кочевников-скотоводов) в культуре народа сохраняется и поныне.
Первоначально манси жили на Урале и его западных склонах, но коми и русские в XI—XIV веках вытеснили их в Зауралье. Наиболее ранние контакты с русскими, в первую очередь с новгородцами, относятся кXI веку. С присоединением Сибири к Российскому государству в конце XVI века русская колонизация усилилась, и уже в конце XVII века численность русских превысила численность коренного населения. Манси постепенно вытеснялись на север и восток, в XVIII веке были обращены в христианство, после обращения частично ассимилировались . На этническое формирование манси повлияли различные народы.
В Чаньвенской (Вогульской) пещере, расположенной вблизи посёлка Всеволодо-Вильва в Пермском крае были обнаружены следы пребывания вогулов. По мнению краеведов, пещера была капищем (языческимсвятилищем) манси, где проводились ритуальные обряды. В пещере были найдены медвежьи черепа со следами ударов каменных топоров и копий, черепки керамических сосудов, костяные и железные наконечники стрел, бронзовые бляшки пермского звериного стиля с изображением человека-лося, стоящего на ящере, серебряные и бронзовые украшения