Всё правительство находилось в Москве, к тому же Москва имеет очень выгодное географическое местоположение для развитие торговли между городами(экономики)(благодаря которому, кстати, Москва и "возвысилась" над другими городами). В Москве так же находилось самое большое количество продовольствия и орудий.
Ну и самая главная причина - Москва была столицей Русского царства.