Родился в 1939 году в Харькове. Уехал на Крайний Север, где работал на лесоразработках. Был чокеровщиком, плотогоном. Работал в геологоразведке: Сихотэ-Алинь, Уссурийский край, Дальний Восток, Приморье. В 1964 году вернулся на Украину, начал работать литейщиком на заводе. Занялся спортом, получил звание мастера спорта по гребле на каноэ, несколько первых разрядов, в том числе по лёгкой атлетике, боксу и самбо. Участвовал в создании и работе клубов любителей фантастики. Учился играть на скрипке. Работал художником.
В то же время начал писать и публиковать фантастические рассказы. Первая опубликованная книга — сборник фантастических рассказов «Человек, изменивший мир». За книгу «Огнепоклонники» (о работе литейщиков) получил высокие литературные премии и был принят в Союз писателей СССР, а в 1979 году после издания книги «Шпага Александра Засядько» («Золотая шпага») был подвергнут гонениям и около семи лет не участвовал в литературной жизни.
После окончания Высших Литературных курсов в Литинституте в 1981 году вернулся в Харьков, спустя несколько лет перебрался в Москву. Некоторое время работал главным редактором издательства «Отечество». В начале 1990-х годов с Лилией Шишикиной организовал издательство «Змей Горыныч» («Равлик»), которое занималось изданием сначала зарубежной фантастики, а затем перешло почти исключительно на издание книг самого Юрия Никитина. В настоящее время оно не функционирует, а книги выходят в издательствах «Центрполиграф» и «Эксмо».
Всего Никитин выпустил более 60 книг. Общий тираж сравним с публикациями популярных писателей, таких как Василий Головачёв и Сергей Лукьяненко.
Помимо жанра, условно называемого «научная фантастика», Никитин ярко выступил в жанре острополитического триллера (цикл «Русские идут»), философского, психологического и социального романа («Странные романы»), классического исторического сочинения («Историческая серия»), эпического и героического фэнтези («Троецарствие», «Трое из леса»), в лучших традициях советской, в том числе детской, фантастики («Мегамир») и многих других жанрах.
Юрий Никитин известен как создатель жанра славянское фэнтези. Наиболее ранние из популярных произведений Юрия Никитина — первые книги в этом жанре из цикла «Трое из Леса».
Особняком в творчестве писателя стоит цикл «Странные романы», из которого в свою очередь выделяется трансгуманистический подцикл, состоящий из книг «Трансчеловек», «Я живу в этом теле», «Проходящий сквозь стены», «Я — сингуляр», «Сингомэйкеры» и «2024-й». В «Странных романах» Юрий Никитин поднимает актуальные социальные, философские и психологические проблемы — изменение общества под влиянием новых технологий, изменение общественной морали и нравственности («Имаго», «Имортист»), место человека в будущем, возможность и перспективы бессмертия («Трансчеловек»), информационные войны («Великий маг»).
Также им была написана автобиографическая книга «Мне — 65» и учебное пособие «Как стать писателем».