1)had eaten
2)had you been living
3)had finished
4)had already left
5)had been working
6)had never seen (в прямой речи звучит I have never seen,в косвенной переводимое на время назад,по правилу из present perfect в past perfect
Вообще past perfect continuous отличается тем,что он выражает длительность.Обязательно при нём должна быть точная дата или действие,которое совершилось после него(см. примеры 2 и 5)