Начало реформ принесло обнадеживающие результаты. Однако в условиях гонки вооружений советское правительство нуждалось в огромных средствах для развития тяжелой промышленности. Их главным источниками по-прежнему являлись сельское хозяйство и легкая промышленность. Поэтому, после короткого перерыва, административный нажим на колхозы вновь усиливается. С 1955 г. начинается т. н. кукурузная кампания – попытка решить сельскохозяйственные проблемы расширением посевов кукурузы. «Кукурузная эпопея» привела к снижению урожайности зерновых культур. С 1962 г. начинаются закупки хлеба за рубежом. В 1957 г. были ликвидированы МТС, изношенную технику которых колхозы должны были выкупить. Это привело к сокращению парка сельскохозяйственных машин и разорению многих колхозов. Начинается наступление на приусадебные хозяйства. В марте 1962 г. было перестроено управление сельским хозяйством. Появились колхозно-совхозные управления (КСУ) .
Главную проблему советской промышленности Хрущев видел в неспособности отраслевых министерств учитывать местные особенности. Было решено заменить отраслевой принцип управления экономикой территориальным. С 1 июля 1957 г. союзные промышленные министерства были заменены Советами Народного Хозяйства (совнархозы, СНХ) . Эта реформа привела к раздуванию административного аппарата и нарушению экономических связей между регионами страны.