Чистые вещества - это вещества, не содержащие в своем составе примеси. Человек имеет дело с примесями, а не чистыми веществами потому что в природе чистые вещества практически не встречаются, т.к. в неживой природе процессы протекают таким образом, что любая система из состояния с большей степенью упорядоченности приходит в состояние с меньшей степенью упорядоченности (это закон роста энтропии) и только целенаправленное внешнее воздействие может привести к обратному эффекту. Иными словами, вещества, предоставленные сами себе, имеют тенденцию смешиваться и образовывать смеси вследствие механического движения самих тел и теплового движения молекул в них, разделяться же самопроизвольно вещества теоретически могли бы если бы не второй закон термодинамики, из которого следует что процессы протекают по наиболее вероятному (с точки зрения математического понятия вероятности) сценарию, а вероятность смешиваться для веществ гораздо более вероятности самопроизвольно разделяться.
Разделять же смеси можно на основе различной природы их компонентов. Тут и механическое разделение - просеивание, фильтрация жидкостей для отделения грубых примесей, аспирация (разделение в потоке воздуха, когда какой-то материал продувают для удаления легких примесей), и различные физические и физико-химические способы: магнитная очистка, когда удаляют частицы железа пропусканием через магнитный блок, выпаривание, криталлизация, дистилляция, осаждение, в том числе в центробежном поле в различных сепараторах, сорбция, хроматография, ионный обмен и многие другие, химики их назовут десятки.