В целом, внутреннее строение крокодила имеет сходство со строением других пресмыкающихся, однако есть и некоторые необычные особенности. Например, скелет крокодила очень похож на строение, характерное динозаврам: две височные дуги, диапсидный череп и т.д. Больше всего позвонков насчитывается в хвосте (до 37), тогда как в шейном отделе и туловище их всего 9 и 17 соответственно. Для дополнительной защиты в брюшной части есть ребра, которые не соединены с позвоночником.Дыхательная система крокодила создана таким образом, чтобы животное комфортно чувствовало себя, как на суше, так и под водой. Органы дыхания крокодила представлены хоанами (ноздрями), носоглоточным проходом с вторичным костным небом, небной завеской, трахеей и легкими с диафрагмой. Весьма мощные и сложно устроенные легкие крокодила способны вмещать большой объем воздуха, при этом животное может при необходимости регулировать центр тяжести. Чтобы дыхание крокодила не мешало ему быстро передвигаться, существуют специальные мышцы в области диафрагмы.В своем роде уникальной является кровеносная система крокодила, которая гораздо совершеннее, чем у других пресмыкающихся. Так, сердце крокодила четырех камерное (2 предсердия и 2 желудочка), а особый механизм смешивания крови из артерий и вен дает возможность регулировать процесс кровоснабжения. Если требуется ускорить процесс пищеварения, то строение сердца крокодила позволяет изменить артериальную кровь на венозную, которая больше насыщена углекислотой и способствует выработке дополнительного желудочного сока. Следует также отметить, что кровь крокодила имеет повышенное содержание антибиотиков, а гемоглобин насыщен кислородом и работает независимо от эритроцитов.
Кстати, мочевого пузыря у этих хищников нет, а для поиска пары в период размножения присутствуют особые железы на нижней половине челюсти, которые выделяют мускусных запах.Нервная система у них весьма развитая, в частности, мозг крокодила (а точнее – большие полушария) покрыт корой, а из органов восприятия особенно развиты слух и зрение. С уверенностью можно сказать, что память крокодила очень хорошая, поскольку ему удается запоминать тропы, по которым другие звери идут к водопою.