В 1797-1798 успешно выполнил дипломатическую миссию в Пруссии, склонив ее к вступлению в антифранцузскую коалицию. В январе 1798 произведен в генералы от инфантерии, в 1798-1799 инспектор войск в Финляндии, составил операционный план на случай войны со Швецией. В сентябре 1799 назначен командующим корпусом, предназначенным для экспедиции в Голландию, в конце 1799 - литовским военным губернатором и инспектором пехоты Литовской и Смоленской инспекций, а также шефом Псковского мушкетерского полка, который до его расформирования в 1918 носил имя Кутузова. В 1800 командующий армией на Волыни, в 1801 петербургский военный губернатор (управлял также гражданской частью Санкт-Петербургской и Выборгской губерний) и инспектор Финляндской инспекции. В 1802 просил увольнения и удалился в свое волынское имение.
Война 1805 вновь заставила его принять начальство над русской армией. Впав в немилость после Аустерлица (Кутузов вновь был ранен в голову) , был назначен сначала киевским, а затем вилен-ским генерал-губернатором. В условиях надвигавшейся войны с Наполеоном и необходимости завершить затянувшуюся войну с Турцией Кутузов 7.3.1711 был назначен главнокомандующим Молдавской армией. 22 июня под Рущуком русские войска одержали крупную победу, а в октябре окружили и взяли в плен под Слободзеей всю турецкую армию, за что Кутузов получил титул графа (29.10.1811). Кутузов добился подписания выгодного для России Бухарестского мирного договора, за что получил титул светлейшего князя (29.7.1812).