Ну а как Вы думаете, что делает систему управления военной диктатурой? :)
Кромвель пришел к власти в ходе войны при поддержке созданной им Армии Нового типа и управлял страной в основном единолично, опираясь именно на армию.
В частности, система управления была реорганизована, страна разделена на 12 военных губернаторств, управляемых генерал-майорами, подчиненными лично Кромвелю.
Верхняя палата парламента была распущена, учрежден совет из людей преданных Кромвелю, прежде всего - из его соратников по предшествующей войне.
Выступления против Кромвеля, как и сепаратистские выступления в провинциях (Шотландия, Ирландия) подавлялись военной силой.