Влажные тропические леса испытывают различные экологические проблемы. Экосистемы влажных тропических лесов в разных регионах, несмотря на резкие различия во флористическом и фаунистическом составе, весьма сходны по структуре и представляют собой самые богатые и насыщенные сообщества на Земле.
В настоящее время ускоренными темпами ведется их хозяйственное освоение. Если биоценоз влажных тропических лесов будет уничтожен, то безвозвратно окажутся утерянными свыше половины всех существующих на Земле видов организмов. Наиболее опасно уничтожение так называемых ключевых видов. Таким видом может быть, например, определенный вид растения от существования которого зависит – непосредственно или косвенно – существование десятков других видов живых организмов, или определенный вид шмелей, колибри, летучих мышей и других животных, являющихся единственными опылителями растений определенного вида. Уничтожение такого ключевого вида, словно лавина, влечет за собой гибель множества других видов. Гилея – настоящий суперорганизм, самое высокоорганизованное сообщество живых организмов на Земле и его нельзя заменить «полезными» монокультурами, целенаправленным разведением определенных пород деревьев.
Вслед за вырубкой деревьев исчезает или коренным образом меняется мир животных, грибов, микроорганизмов. Деградируют почвы, теряющие минеральные вещества уже до первой жатвы вследствие их выноса дождевыми водами. Изменяются: микроклимат, гидрологические условия, да и весь биогеоценоз в целом. Формация влажных тропических лесов может замещаться куда менее продуктивными вторичными (биомасса – 140-300 т/га, а в первичных 350-1700 т/га). Уничтожая лес, человек сталкивается с неизвестными доселе организмами, например, с переносчиками смертельно опасного вируса Эбола.
Единственным выходом из создавшейся ситуации является объявление большей части подобных территорий заповедными, что входит в противоречие с экономической деятельностью всех стран, на территории которых имеются влажные тропические леса.