Смысл: если написанное стало известно, то этого уже не изменишь, не исправишь. Говорят, когда придают большое значение документу, тому, что написано.
Примеры из литературы:
1) Кузьмичёва всё стояла рядом с Полыниным и, щупая пальцами записку, всё не решалась отдать её. Что написано пером, того не вырубишь топором: отдашь, потом не воротишь. Может, она потом и пожалеет, — подумала она о Галине Петровне, — да будет поздно (К. Симонов, “Случай с Полыниным”);
2) Но бумага — о, бумага не свой брат — влепишь, пожалуй, такое словечко, что и сам после рад не будешь.. Справедливо сказано: что написано пером, того не вырубишь топором (И. Железнов, “Уральцы”);
3) — Это что, — кивнул Бурденко на бумагу, — можно подписать карандашом? — Лучше бы чернилами, — улыбнулся Детка. — Написанное пером, как говорится, не вырубишь топором (П. Нилин, “Только характеры”)