Впервые раскопки Кносского дворца начал в 1878 году критский собиратель древностей и купец Минос Калокеринос, однако раскопки были прерваны турецким правительством. О наличии развалин в Кноссе было известно уже Генриху Шлиману (из писем обнаружившего их Миноса Калокериноса). Шлиман планировал раскопки в Кноссе, но из-за натянутых отношений с турецкими властями и скандала с незаконным вывозом золотых сокровищ этим планам не было суждено осуществиться.
Систематические раскопки территории начаты 16 марта 1900 года английским археологом Артуром Эвансом, который скупил земли, на которых стоял дворец. Поскольку англичан интересовал период до 1450 г. до н. э. (т. н. новодворцовый), все более поздние слои были уничтожены. Параллельно с раскопками велось воссоздание руин в «первоначальном виде» (как его представлял себе сам Эванс). В связи с этим в настоящее время рядовому туристу не всегда просто отделить останки древних построек от того, что было достроено Эвансом.