Большое разнообразие наблюдается в строении конечностей. Если исключить змей, то громадное большинство остальных рептилий имеет две пары ног. У немногих ящериц отсутствуют передние или еще реже только задние конечности; чаще недоразвиты или отсутствуют в равной степени обе пары ног.
У многих ящериц, крокодилов и черепах хорошо развитые конечности вполне могут поддерживать тело приподнятым над землей. Некоторые ящерицы могут бегать даже на одних задних, сильно удлиненных ногах. Только пресмыкающиеся с короткими ногами в полной мере оправдывают свое название, так как при движении их брюхо постоянно касается земли. Недоразвитие конечностей у ящериц всегда сопряжено с удлинением тела.