Истоками Енисея являются реки Бий-Хем (Большой Енисей) и Каа-Хем (Малый Енисей). Бий-Хем начинается из высокогорного озера Кара-Балык. Его длина 605 км. Второй исток Енисея — Каа-Хем длиной 563 км образуется слиянием двух рек — Балактыг-Хема и Шишхид-гол, которая берет начало на территории Монголии.
Течет с юга на север. Устье Карское море .