Не только анекдот. Как известно, Гоголь сам был чиновником, возможно именно там он увидел кого-нибудь похожего, на Акакия.
Также Гоголь был разочарован своим пребыванием в Санкт-Петербурге, возможно поэтому его разочарование и печаль перенеслись на бумагу.