Рот особей с ветвистым кишечником расположен ближе к задней части тела, у прямокишечных – к передней. Рот червя соединен с глоткой, которая постепенно переходит в слепые ветви кишечника. Класс ресничные черви имеет глоточные железы, отвечающие за наружное (за пределами тела) переваривание пищи. Выделительная система представлена множеством пор на заднем участке тела животного, через которые по специальным каналам выбрасываются ненужные вещества. Мелкие каналы соединены с одним или же двумя основными, примыкающими к кишечнику. При отсутствии кишечника выделения (экскреты) накапливаются у поверхности кожи в специальных клетках, которые после наполнения благополучно отпадают.