В корнях и стеблях газообмен сравнительно невелик. Интенсивность клеточного дыхания у растений обычно значительно ниже, чем у животных; большая часть корней и ветвей лишена хлорофилла и не участвует в фотосинтезе; кроме того, в корне и стволе многие клетки мертвы. Кислород легко диффундирует из воздуха в промежутки между мелкими частицами почвы в окружающую их пленку воды и в корневые волоски. Затем он, также путем диффузии, проникает в клетки более глубоких слоев коры и наконец в клетки центрального цилиндра. Образующаяся в клетках углекислота диффундирует в обратном направлении и выходит наружу через корневые волоски. В более старых, утолщенных корнях, которые лишены корневых волосков и покрыты защитным слоем мертвых клеток (пробковой тканью), в этом слое имеются бесчисленные мелкие отверстия (чечевички), через которые газы и проходят внутрь и выходят наружу. Если почва сильно пропитана водой, то между ее частицами не остается воздушных пространств, и многие растения в таких условиях погибают.