Основной темой повести является крестьянская революция. В художественных образах и картинах Пушкин показал закономерность и подлинно народный характер Пугачёвского восстания, с глубокой симпатией нарисовал он образ вождя движения. Но «Капитанская дочка» — не только повесть о Пугачёвском восстании. Её содержание шире. Недаром Белинский отзывался о «Капитанской дочке» как об «Онегине в прозе», т. е. своеобразной «энциклопедии русской жизни» XVIII века.
В повести решаются вопросы и о взаимоотношениях помещиков и крестьянства, и вопросы внутренней политики, и об обязанностях дворянина перед народом, государством и своим сословием. Поскольку «Капитанская дочка» является не только исторической, а и семейной повестью, Пушкин ставит вопросы, связанные с морально-бытовой стороной жизни дворянства, темы человеческого счастья, любви, истинного благородства.
Обе эти стороны повести составляют единое целое, связанное образом Пугачёва — вождя народного движения и устроителя счастья Петра Гринёва и Маши Мироновой.