На отдельных участках Дона созданы специальные природные зоны и заповедники для разведения редких животных и птиц, таких как выхухоль, орлан-белохвост, скопа речная и других. В ряде районов области действуют рыбоводческие хозяйства, которые занимаются разведением ценных видов рыбы и выпускают малька в естественные водоёмы. В верхнем течении запрещено судоходство для тех видов водного транспорта, которые сильно разрушают берега.