Вот как щас помню из учебника природоведения:
"природа - это все, что окружает нас, кроме того, что создано руками человека"
А географическая среда - это ни что иное, как "часть земного природного, в той или иной степени измененного людьми окружения человеческого общества, с которой общество в данный момент непосредственно связано в своей жизни и производственной деятельности. "
То есть, географическая среда, несомненно, часть природы, это факт. Но все же - только та часть, с которой непосредственно в данный момент связана жизнедеятельность. Природа - намного более обширное понятие.
Маленький пример: для тракториста на работе географическая среда - это тот участок поверхности, с которым он работает. Природа же для него - ВСЕ что его окружает, от солнечного света до паутины в лесу на горизонте и щебетания птиц в нем же.