В XVI–XVII вв. Чехия и часть Венгрии вошли в державу австрийских Габсбургов, где развивался абсолютизм. Особенностью этого региона была огромная роль династических связей, что приводило к объединению двух и более государств в одних руках или в руках близких родственников. Такие династические у́нии (т. е. объединения двух стран под властью одной династии) не были прочными, поскольку входившие в них государства имели разные интересы.
Огромное воздействие на соотношение сил в регионе оказывала Османская империя. Венгрия испытала удары турок ещё в XIV в. Однако в начале XVI в. королевская власть в Чехии и Венгрии, находившихся в это время под властью одного монарха, была ослаблена мятежной знатью, которая даже в условиях турецкой угрозы не желала объединить свои усилия. В 1526 г. Венгрия подверглась разгрому.
Непрерывные войны заставляли Фердинанда Габсбурга и во внутренней политике действовать решительно. В его правление усилилась королевская власть, выросли налоги, сократилось влияние сословно-представительных органов, проводилась политика Контрреформации.
С 1556 г. и до 1806 г. наследники Фердинанда I, являлись одновременно королями Чехии и Венгрии, эрцгерцогами Австрии и императорами Священной Римской империи. При этом и Чехия и Венгрия сохраняли собственные законы, привилегии и систему управления.
К тому же Венгрия не входила в состав Священной Римской империи, и интересы монархов из династии Габсбургов как правителей этих стран зачастую противоречили их же интересам как императоров.
Особым периодом в истории Чехии и Венгрии было правление короля Рудольфа II Габсбурга, который считал защиту христианства от турок своей главной задачей и добился в этом некоторых успехов. Другим важнейшим направлением его деятельности была политика Контрреформации. Однако Реформация успела пустить в его владениях достаточно глубокие корни, и действия Рудольфа II не имели успеха. В Чехии, где разные направления в христианстве издавна противостояли друг другу, императору пришлось пойти на существенные уступки протестантам.
Напряжение во владениях Габсбургов, особенно в Чехии, нарастало. Разразившаяся вскоре Тридцатилетняя война принесла Чехии огромные жертвы и способствовала упадку страны.