Шуйский, пытаясь противостоять «тушинскому вору» , заключил в феврале 1608 договор со Швецией, по которому шведские войска обязались выступить на стороне русского царя, за что шведам отходила часть русских территорий. Это, естественно, вызвало недовольство среди самых широких слоев населения Русского государства. В конце 1608 началось стихийное народное выступление против польских интервентов. Положение Шуйского стало весьма уязвимым, только благодаря своему племяннику М. В. Скопину-Шуйскому, командующему русско-шведскими войсками, царю удалось дать отпор полякам. К марту 1610 Москва была освобождена, тушинцы повержены, Лжедмитрий бежал.
Разгромом Лжедмитрия II смута не закончилась, польский король Сигизмунд III объявил войну России, началась открытая польская интервенция. В Москве положение Шуйского усугублялось, обострялась борьба за власть: Василий Голицын, Ляпунов пытались поднять народ против царя. Кроме того, армия лишилась своего видного полководца Скопина-Шуйского, который скоропостижно скончался при невыясненных обстоятельствах. В результате войска Шуйского 24 июня 1610 потерпели сокрушительное поражение от армии под командованием польского гетмана Станислава Жолкевского. Возникла опасность появления на русском троне польского королевича Владислава. Шуйский ничего не мог противопоставить полякам и был низложен московским боярством в июле 1610. Его насильно постригли в монахи, а после вступления в Москву Жолкевского перевезли в Варшаву, где он вскоре умер в заключении. Прах Василия IV был перенесен в Москву при Михаиле Федоровиче.