В середине XIII века хан Батый основал государство – Золотая орда, просуществовавшее более двухсот лет. Марийцы, как и другие народы Среднего Поволжья, платили в ханскую казну подати.
Сбор дани, податей и налогов вели военачальники: баскаки и даруги (так назывались административные лица, стоявшие во главе определенной территории). В этот период происходит переселение части марийцев к северу.
Золотая Орда распалась во второй четверти XV веке и в XV веке в Среднем Поволжье образовалось Казанское ханство, в состав которого входили казанские татары (потомки волжских булгар), марийцы, чуваши, частично мордва, удмурты и башкиры. В это время еще больше усилилось различие в языке и обычаях горных и луговых марийцев.
Основным занятие марийских крестьян во времена Казанского ханства было земледелие и скотоводство, подсобную роль играли охота, рыболовство, бортничество. Марийцам было известно трехполье, при котором пашня делилась на три поля: одно поле засеивалось рожью, другое – яровым хлебом, третье – оставалось под паром, т.е. «отдыхало».
Также у марийцев было развито ремесло и торговля. Ремесленники занимались обработкой дерева, гончарным делом, выделкой кожи и т.п.
К середине XVI века взаимоотношения России с Казанским ханством приобрели напряженный характер. К тому времени Казань оказалась под влиянием Крымского ханства, за спиной которого стояла Турция.
В период с 1545 по 1550 русские организовали несколько безуспешных походов на Казань. Эти походы показали, что нужно опираться на местное население: мордву, чувашей, марийцев.
В те времена правобережная часть марийского края была теснее связана с Россией, чем левобережная, которая примыкало к Казани. Именно в правобережной части в 1523 году был основан город Васильсурск, а в 1551 году в устье реки Свияги был построен город Свияжск. После основания Свияжска горные марийцы перестали признавать власть Казанского ханства и, по сути, добровольно вошли в состав Русского государства.
Летом 1552 года Иван IV Васильевич (Грозный) организовал решающий поход на Казань. В октябре того же года около города Свияжск русские воины не без помощи марийцев, чувашей и мордвы переправившись на левый берег Волги взяли Казань и тем самым присоединили земли Казанского ханства к Русскому государству.
Позже на марийской земле появились русские города-крепости: Кокшайск, Козьмодемьянск, Царевококшайск и др.