Водный режим Амура характеризуется сравнительно слабо выраженным весенним половодьем, высокими летними паводками, следующими один за другим из-за дождей и создающими общее высокое летнее половодье, и, наконец, зимней низкой меженью. Летние паводки от дождей по своей высоте значительно превосходят весеннее половодье. Наиболее значительные паводки проходят обычно в конце июля - начале августа и часто сопровождаются катастрофическими наводнениями. В районе среднего и нижнего Амура в это время наблюдаются разливы, ширина которых достигает 10-25 км.
Амплитуда колебания уровня воды на верхнем и среднем Амура достигает 10-14 м, на нижнем - 6-7 м. Особенно катастрофическое наводнение имело место в 1928 г. ; оно принесло огромные убытки хозяйству района. В устьевом участке реки уровни подвержены воздействию приливо-отливных течений, амплитуда колебаний которых составляет 1,5-2,6 м. Во время весеннего половодья в некоторых местах наблюдаются мощные заторы льда, подъемы уровня при этом иногда достигают 15 м