Административная реформа
Условием формирования унитарной Японии была ликвидация старого федералистского устройства страны. Его единицами были автономные ханы, управляемые даймё. В ходе гражданской войны 1868—1869 годов японское правительство конфисковало владения сегуната, которые разделило на префектуры. Однако территории ханов остались вне его прямого контроля. 20 января 1869 года даймё четырёх проправительственных ханов: Сацума, Тёсю, Тоса и Хидзэн подали обращение, где говорилось, что всё в Японии принадлежит Императору.В феврале 1869 года чиновники Кидо Такаёси и Окубо Тосимити предложили Императору переподчинить эти территории новому правительству. На предложение сразу согласились даймё-сторонники из Сацумы, Тёсю, Тосы и Хидзэна, которые вернули монарху свои земли вместе с населением. 25 июля 1868 года правительство приказало сделать то же самое даймё других ханов, что было осуществлено без сопротивления, добровольно реестры земель и людей не передали лишь двенадцать князей, но были вынуждены это сделать согласно приказу.
В обмен на земли даймё становились главами региональных представительств центрального правительства и получали государственное жалование. Хотя земли ханов формально перешли к государству, сами ханы отменены не были. Их даймё сохраняли за собой право собирать налоги и формировать войска на вверенных им землях, и таким образом оставались полу-автономными. Из-за такой половинчатой политики центрального правительства, в регионах нарастало недовольство. С целью окончательно перейти к унитарной форме государственного устройства 29 августа 1871 года Императорское правительство провозгласило ликвидацию ханов по всей Японии и учреждение вместо них префектур. Бывших даймё ханов переселили из регионов в Токио, а на их место назначили зависимых от центра губернаторов префектур. До 1888 года количество префектур были сокращено с 306 до 47, особым округом был выделен Хоккайдо, также к префектурам были приравнены три крупных города — Токио, Киото и Осака.
Правительственная реформа
Одновременно с административной реформой шли преобразования в структуре правительства. За основу новой исполнительной вертикали была взята структура японского правительства VIII века. С 15 августа 1869 правительство делилось на три палаты: главную, левую и правую. Главная палата выполняла функции кабинета министров. В ее состав входили большой государственный министр, левый и правый министры, и советники. Левая палата была законодательной органом власти и совещательным органом при главной палате.
В состав правой палаты входили восемь министерств, которые руководствовались министрами и их заместителями. Большинство постов в правительстве занимали выходцы из бывших ханов Сацума (Сайго, Окубо Тосимити, Курода Киётака), Тёсю (Кидо Такаёси, Ито Хиробуми, Иноуэ Каору, Ямагата Аритомо), Тоса (Итагаки Тайсукэ, Гото Сёдзиро, Сасаки Такаюки) и Хидзэн (Окума Сигэнобу, Оки Таката, Соэдзима Танэоми, Это Симпо), образовавшие в нем так называемые ханские фракции. Главные должности занимали столичные аристократы, такие как Сандзё Санэтоми и Ивакура Томоми.