При записи карандашом мягкий грифель оставляет след за счет трения о поверхность бумаги, его частички из-за трения остаются на поверхности оставляя след.
У фломастера вместо грифеля окрашенная жидкость, которая при соприкосновении с бумагой пропитывает ее, проникая внутрь и оставляет след.