1-я часть, Kyrie, состоящая из трех номеров, открывается мрачным звучанием хора, после чего начинается фуга, сначала в оркестровом звучании. Ее скорбная тема, словно извивающаяся в муках, полна глубочайшей выразительности. В начале 2-й части, Gloria (№4), радостно, светло звучат трубы. Хор подхватывает ликующую тему, возглашая славу. Здесь господствуют широкие, распевные мелодии. Особенно выделяется №5, Laudamus — ария сопрано в сопровождении солирующей скрипки, как будто один из голосов хора вырвался со своей лирической песнью. В 3-й части, Credo (№12—19), господствуют драматические контрасты. В №12, Credo in unum Deum — широкая строгая мелодия григорианского хорала проходит последовательно (в имитации) у всех голосов хора на фоне торжественного и мерного движения оркестровых басов. №15, Et incarnatus, возвращает к скорбным образам. Тяжелые мерные басовые ноты словно придавливают, жалобно звучат «вздохи» струнных. Простая, строгая, полная затаенного страдания мелодия интонируется хором. Голоса наслаиваются один на другой, создавая насыщенную музыкальную ткань. Скорбное размышление приводит к следующему номеру (№16), Crucifixus, — трагической кульминации Мессы, повести о крестных муках Спасителя. В этом проникновенном эпизоде, написанном в духе итальянской арии ламенто, Бах использовал форму пассакальи. Тринадцать раз в басу появляется одна и та же мелодия — мерно, неуклонно спускающийся мрачный хроматический ход. На его фоне возникают отдельные аккорды струнных и деревянных инструментов, отрывочные, словно вздохи и стенания, реплики хора. В конце мелодия спускается все ниже, никнет, и словно обессиленная, умирает. Все умолкает. И сразу широким ликующим потоком света все заливают звуки хора Et resurrexit (№17), воспевающего Воскресение, победу жизни над смертью. Объединенные 4-я и 5-я части открываются величественным замедленным движением хора Sanctus (№20) с радостными юбиляциями у женских голосов. В оркестре звучат фанфары труб, дробь литавр. №23, Agnus Dei — проникновенная ария альта с гибкой мелодией, сопровождаемая выразительным пением скрипок. Заключительный номер мессы, №24, Dona nobis pacem — торжественный гимн в виде фуги на две темы, точно повторяет хор №6, Gratias.