От антонима древнего слова "лепый" - красивый, прекрасный, хороший. Помните, в фильме "Иван Васильевич" царь, любуясь панорамой Москвы, произносит: "Лепота!" Соответственно, "нелепый" имеет обратное значение: "плохой", "гадкий", "отвратительный". Кстати, "нелепыми глаголами" в старину называли бранные слова.