Не прошло и четырех месяцев со дня основания Петербурга, как случилось наводнение. В ночь с 30 на 31 августа 1703 г. вода в Неве поднялась более чем на 2 м и залила лагерь русских войск. Оказались затопленными продовольственные склады, разнесло часть леса, приготовленного для строительства Петропавловской крепости.
Начальник гарнизона А. И. Репнин доносил Петру I: «Зело, государь, у нас жестока погода с моря, и набивает в нашем месте, где я стою с полками, воды аж до моего ста- нишки, ночесь в Преображенском полку в полночь у харчевников многих сонных людей и рухлядь их помочило...»
Спустя два года, в ночь с 15 на 16 октября, те же склады вновь оказались затопленными. Под натиском яростных волн и ураганного ветра рушились стены домов, слетали крыши, падали вырванные с корнем деревья.
Очевидец наводнения, писатель А. П. Бащицкий писал: «Зимний дворец, как скала, стоя среди бурного моря, выдерживал со всех сторон натиск волн, с ревом разбивавшихся о крепкие его стены и орошавших их брызгами почти до верхнего этажа. На Неве вода кипела, как в котле, и с неимоверной силой обратила вспять течение реки...»
Наводнение 21 сентября 1777 г. застигло город врасплох темной осенней ночью. Жестокая буря и чрезвычайно быстрый подъем воды сильно усугубили положение. Из-за неорганизованности населения и нераспорядительности властей наводнение 1777 г., несмотря на его кратковременность, причинило городу огромный ущерб. Множество заборов и оград было опрокинуто, покосились деревянные дома. Вода смыла острог, который находился на взморье, вместе с 300 арестантами. Оказались разрушенными фонтаны в Летнем саду (впоследствии они так и не были восстановлены).
Екатерина II в своих дневниках так описывала бурю в ту памятную ночь: «С той минуты понеслось в воздухе все, что угодно, черепицы, железные листы, стекла, вода, град, снег... На набережной, которая еще не окончена, громоздились трехмачтовые купеческие суда. Биржа переменила место... Погреба мои залиты водой, и Бог весть, что с ними станется».
Наводнение 1824 г. принесло городу огромные убытки. Погибло 208 человек (по другим данным — 569 человек). Нева оставалась неспокойной до середины зимы 1824/25 г. Были совершенно разрушены 324 дома, повреждены 3257 разных других строений (т. е. половина всех имевшихся). Из 94 судов, стоявших в гавани, удалось спасти только 12. Утонуло 3600 голов скота, были испорчены 900 тыс. пудов муки и большое количество другого продовольствия. Долгое время после этого наводнения в городе свирепствовали простудные заболевания. Цены на продукты питания и дрова резко подскочили. Более полувека это наводнение именовали «потопом».