Самое ожидаемое событие для семинаристов – выпуск из семинарии. Небольшие группы семинаристов разъезжаются из Киева, зарабатывая еду пением духовных песен в богатых хуторах.
Трое семинаристов – Халява, Хома Брут и Тиберий Горобец теряют в темноте дорогу и выходят к хутору. Старая хозяйка пускает семинаристов на ночлег, но с одним условием – каждый будет спать в отдельном месте. Хоме Бруту достается овечий хлев. Пытаясь уснуть, Брут замечает, что в хлев вошла старуха. Она сверкает глазами, ловит Брута и забирается ему на плечи. Хома понимает, что это ведьма, однако она уже летит с ним над землей. Брут пытается вспомнить все молитвы, чувствуя при этом, что ведьма слабеет. Извернувшись, Брут умудряется выпрыгнуть из-под ведьмы. Он тут же запрыгивает ей на спину, хватает чурбачок и начинает им колотить старую ведьму. Она кричит и вскоре падает на землю, однако тут же превращается в молодую девушку, которая с предсмертными стонами лежит перед Брутом. В ужасе Хома несется со всех ног обратно в Киев.
Ректор семинарии вызывает к себе Брута и дает ему наказ отправляться в далекий хутор к одному богатому сотнику, чтобы прочитать отходные молитвы – его дочь вернулась с прогулки сильно избитой. Последним желанием молодой девушки стало, чтобы Хома в течение трех дней читал по ней отходную. Дабы он не ускользнул по дороге, специально для него прислали кибитку и 6 здоровяков. Когда Хома добирается до хутора, сотник любопытствует, откуда он знает его дочь и где они познакомились. Брут сам этого не знает, однако когда он приближается к гробу, то узнает в умершей девушке ведьму.
Во время ужина Хома выслушивает много рассказов о проделках юной ведьмы. Ближе к ночи его отводят в церковь с гробом, где его запирают. Он подходит к клиросу для прочтения молитв и очерчивает вокруг себя круг. Во время чтения молитв, ведьма поднимается из гроба, однако не может преодолеть линию круга. Она ложится в гроб и начинает в нем летать, однако Хома находится под защитой молитв и очерченного круга. Гроб падает и из него появляется позеленевшее трупное тело ведьмы, однако крик петуха заставляет ведьму упасть обратно в гроб. Крышка захлопывается.
В течение дня Хома отсыпается, пьянствует и бродит по хутору, но чем ближе вечер, тем тучнее он становится. Вечером его вновь ведут в церковь. Там он опять очерчивает вокруг себя круг и начинает громко читать молитву. Труп ведьмы уже совсем близко, она стоит и смотрит на него своими мертвыми глазами, бормоча проклятья и заклинания, чья сила порождает ветер внутри церкви, а в двери начинает ломиться орда нечистой силы. Но, с первым криком петуха зло вновь отступает. Хома от страха становится седым, и поутру его обнаруживают еле живым. Хома умоляет сотника, чтобы он его отпустил, однако тот не поддается на уговоры и лишь грозится страшной карой за непослушание. Тогда Хома решает сбежать, но попадается.
Наступает третья, последняя ночь. Невыносимая тишина внутри церкви разрывается лязгом железной гробовой крышки. Ведьма клацает зубами, с визгом изрыгает заклинания, двери падают с петель и орда различных чудищ пробирается внутрь, привнося шум крыльев и царапанье когтей. На остатке сил Хома читает молитвы.
Ведьма требует, чтобы ей привели Вия. Страшное низкорослое чудище с железным лицом тяжелыми шагами заходит в церковь. Этот предводитель нечистой силы приказывает поднять его железные веки. Внутренний голос Хомы подсказывает ему не глядеть, однако он не справляется с собой и смотрит. Вий указывает на Хому пальцем и говорит: - "Вот он!”. Тут же вся нечисть бросается на Хому и дух покидает его тело. Во второй раз раздается крик петуха, первый его крик нечистая сила прослушала. Они бросаются наутек, но уже слишком поздно. Церковь на веки веков остается с застрявшей в окнах и дверях нечистью. Она зарастает бурьяном и теперь никто и никогда не отыщет к ней дорогу.
Друзья Хомы – Тиберий и Халява узнают о его судьбе и принимаются поминать его в Киеве. После третьего стакана друзья приходят к выводу, что погиб философ из-за страха.