В мире полно загадок и тайн. Если в них поверить, можно стать их частью. В фильме «Дом странных детей Мисс Перегрин» одному юноше открывается важный секрет. Он мечтал когда-нибудь отыскать удивительное место, где живут загадочные дети. О них парнишка узнал из рассказов своего дедушки. С самого детства он слушал интересные истории, которые, как утверждал старик, были вовсе не выдумкой.
Существует остров, хорошо спрятанный от посторонних глаз. На нем расположен большой особняк, в котором проживают воспитанники с невероятными способностями. Их охраняет и защищает потрясающая директриса, умеющая превращаться в птицу. Когда дед умер, Джейкоб долго не мог смириться. Сверстники к нему относятся с подозрением, дразнят, говорят, что он не такой как все. Поэтому единственным желанием было отыскать то самое место, на котором однажды побывал самый добрый и родной человек. И ему удается.
Оказалось, его там давно ждут. Никогда бы Джейкоб не подумал, что девочка может летать и управлять воздухом, а мальчишка быть невидимым, близнецам вовсе не обязательно разговаривать, потому что они читают мысли. Эти ребята необычные. Мисс Перегрин приютила их здесь, ведь общество никогда не поймет. Она с радостью обняла гостя, а затем поведала о его даре. Ему он откроется в нужный момент, нужно лишь верить. Призвание Джейкоба — защищать новых особенных друзей.