Ещё в 1385 году по приказу Тамерлана на месте могилы Ясави было заложен монастырь суфиев, последователей Ясави, но завершение строительства мечети прекратилось сразу после его смерти в 1405 году. После смерти Тамерлана недостроенным остался лишь входной портал.
При сооружении этого здания персидские зодчие применяли ряд новаторских архитектурных и строительных решений, которые были использованы при возведении Самарканда, столицы империи Тимуридов. Сегодня мавзолей является одним из самых значительных и хорошо сохранившихся сооружений той эпохи.