Лучше всего понять на примере.
Глагол "ХОТЕТЬ" проспрягаем. Казалось бы, что это гл. 2-го спряжения.
Я хочУ
ТЫ хочЕшь -1-спряжение
ОН, она, оно-хочЕт-1-е спряжение. НО!
МЫ хотИМ--2-е
ВЫ хотИте--2-е
ОНИ хотЯТ-2-е
БЕЖАТЬ
Я бегу
Ты бежИшь--2-е
ОН, она, оно--бежИт-2-е
МЫ бежИм--2-е
ВЫ бежИте-2-е
ОНИ бегУТ---1-е
Значит, глаголы, которые имеют разные српяжения (1и 2) называются разноспрягаемыми.