Он, так же как и Геккель, считал, что многоклеточные развились из колоний жгутиконосцев, но процесс образования внутреннего пласта происходил не путем впячивания, а вследствие заползания отдельных клеток стенки колонии в ее внутреннюю полость .Этот процесс он связывал с внутриклеточным пищеварением (фагоцитозом), которое осуществлялось ушедшими в полость колонии клетками. Поэтому внутренний слой клеток Мечников назвал фагоцитобластом, а эту филогенетическую стадию «фагоцителлой». Сама его теория известна больше под названием «иммиграционной теории» Мечникова.