Правило гласит, что существительные 1 склонения, оканчивающиеся на -ИЯ (оканчивающиеся и окончание – это разные термины!) , в родительном, дательном и предложном падежах имеют окончания -И: без армии, к армии, об армии.
Существительные же 2 склонения, оканчивающиеся на -ИЙ (окончание у них нулевое) и -ИЕ (условное окончание Е) имеют окончание -И в предложном падеже: в санатории, в решении. В родительном падеже у них условное окончание -Я, в дательном – -Ю, как и у всех остальных существительных 2 склонения, сравните: санаторий, решение, конь – нет санатория, решения, коня; к санаторию, решению, коню.
Существительное окончание оканчивается на -ИЕ, значит, в родительном падеже у него окончание -Я: после окончания.