Исходно раковина состоит из трёх слоёв:
Периостракум — наружный тонкий слой, состоящий исключительно из белка — конхиолина. Фактически, он представлен двумя плотно прилегающими друг к другу слоями.Остракум — средний слой раковины, состоит из кристаллических призм карбоната кальция (СaCO3) в обёртке из конхиолина. Структура его может быть весьма разнообразной.Гипостракум или перламутровый слой — внутренний слой раковины, состоит из пластин СaCO3, также обёрнутых конхиолином.
Нередко, особенно у высокоорганизованных брюхоногих моллюсков, перламутровый слой отсутствует; зато остракум в таких случаях может состоять из множества разных по структуре слоёв.
Карбонат кальция в составе раковины моллюсков может находиться в виде трёх модификаций:
Арагонит — характерен для наиболее древних моллюсков; перламутровый слой всегда состоит только из арагонита.Кальцит — по-видимому, эта модификация — более позднее приобретение моллюсков.Ватерит — используется для репарации.
Встречаются разнообразные комбинации арагонита и кальцита в раковинах разных моллюсков.