Эволюция пищеварительной системы в ряду позвоночных представляет очень яркий пример постепенной дифференциации простого органа — прямой кишечной трубки в сложную систему органов, выполняющих отдельные функции пищеварения. Кроме того, передний отдел кишечной трубки — ротоглоточная полость — дифференцируется в особую систему органов дыхания. Этот процесс дифференциации наблюдается также и в эмбриональном развитии. Первичным зачатком пищеварительной системы является энтодермальная трубка, замкнутая спереди и переходящая в нервно-кишечный канал сзади. Ротовая полость развивается из эктодермального выпячивания (stomodeum) и прорывается в кишечник. Эктодермальное впячивание (proctodeum) в задней части трубки образует анальное отверстие. В результате дифференциации пищеварительный тракт образует следующую систему органов:1) ротовая полость — орган захватывания пищи, несущий зубы, различные ротовые железы, язык;2) глотка — несет дыхательную функцию: у рыб — через жаберные щели и плавательный пузырь, у наземных позвоночных в глотке образуется перекрест пищевого и дыхательного путей при установлении связи глотки с ноздрями и легкими, кроме того, глоточная часть кишечника является местом возникновения важных желез внутренней секреции — щитовидной железы (gl. thyreoidea) и зобной железы (gl. thymus);3) пищевод;4) желудок — орган химической переработки пищи;5) двенадцатиперстная кишка — важный раздел кишечника, где происходит переваривание жиров и белков благодаря деятельности двух пищеварительных желез — печени (hepar) с желчным пузырем и поджелудочной железы (pancreas);6) тонкие кишки различной длины, где происходит всасывание переваренной пищи;7) слепая кишка, образующаяся только у высших позвоночных;8) толстая кишка как резервуар для окончательного отделения непереваренных остатков усвояемой пищи;9) прямая кишка, в которой оформляются каловые массы, она открывается анальным отверстием либо в клоаку, либо прямо наружу.