У членистоногих более развита пищеварительная система - имеется ротовой аппарат,образованный видоизмененными членистыми конечностями,передний отдел кишечника дифференцирован - глотка,пищевод,желудок.
У кольчатых червей печени нет.Имеется более развитая выделительная система - у кольчатых червей она представлена метанефридиями,а у членистоногих более сложно устроенными мальпигиевыми сосудами - у паукообразных и насекомых и зелеными железами - у раков.
У членистоногих имеется трубчатое сердце,а у кольчатых червей его функцию выполняют пульсирующие участки сосудов.У членистоногих сильно развит парный надглоточный ганглий - "мозг", с чем связано сложное поведение и инстинкты.Все членистоногие раздельнополые животные,среди кольчатых червей есть гермафродиты.