Биологический материал целесообразно получать до начала антимикробной терапии.
Материал для бактериологического исследования берут непосредственно из очага инфекции или исследуют клинически значимый биологический материал. Необходимо соблюдать асептику, избегая контаминации биологического материала посторонней микрофлорой. Количество материала должно быть достаточным для проведения исследования. Собирают материал в стерильную посуду с пробками, полученную в микробиологической лаборатории: для взятия отделяемого из раны, мазков со слизистых оболочек, из глаза, уха, носа, зева, цервикального канала, влагалища, анального отверстия следует использовать стерильные ватные тампоны, для крови, гноя, спинномозговой жидкости и экссудатов используют стерильные шприцы и специализированные транспортные среды, для мокроты, мочи и кала - стерильные плотно закрывающиеся небьющиеся контейнеры.