1) Грязная вода. Например, всем известно, что мусор в воде губительно влияет на живущих в ней существ.
2) Как ни странно, организм под воздействием антибиотиков. Например, ясно, что при приёме антибиотиков гибнут либо "страдают" как болезнетворные, так и полезные бактерии.
3) Различные лекарства. Я не говорю, что лекарства-это плохо, но ведь бактерии-тоже живые организмы, и лекарства явно выводят их из зоны комфорта.
4) Пожар. Самый, наверно, очевидный пункт из всех вышеперечисленных. Ясно, что в огне сгорает огромное количество бактерий, а так же есть риск попадания в огонь других живых существ-от насекомых до людей.