Представляют собой варианты умеренно сухой, сухой и пустынной степи. Почва долины Маныча представляет собой кроме слабо выраженной зональной почвой, участки степных солонцов, солонцеватых почв и потому здесь сформировались солеустойчивые сообщества растений. На территории заповедника было зарегистрировано 410 видов высших сосудистых растений. Они представлены, в основном, семействами бобовых, злаковых, сложноцветных, крестоцветных, губоцветных, гвоздичных и маревых. Из бобовых наиболее распространены в заповеднике — горошек 4 видов: волосистоплодный, ольбийский, четырёхсемянный, мохнатый; верблюжья колючка обыкновенная. Семейство злаков — ковыль нескольких видов. Представители сложноцветных — тысячелистник (4 вида)и одуванчик (2 вида). Сурепка обыкновенная и пастушья сумка — семейство крестоцветных. Шалфей 3 видов — губоцветные. Лебеда 6 видов — представляет семейство маревых. Также на территории заповедника отмечено 6 редких видов, являющихся охраняемыми в России: тюльпан Шренка, беллевалия сарматская, ковыль красивейший, ковыль украинский, касатик карликовый, майкараган волжский. Из списка Красной книги Ростовской области здесь множество растений: астрагал чашечковый, астрагал пузырчатый, тюльпан Биберштейна, двуцветковый тюльпан, ковыль Лессинга, ковыль сарептский, катран шершавый, касатик низкий, хвойник двухколосковый и т.п.