Неметаллические полезные ископаемые, являющиеся сырьевой базой предприятий перерабатывающей промышленности, представлены индустриальным и горно-химическим сырьем и строительными материалами. Месторождения индустриального и горно-химического сырья, учтенные государственным балансом, тяготеют к участкам неглубоко погруженного фундамента на юго-востоке Томской области. Наиболее представительными видами из этой группы полезных ископаемых являются тугоплавкие глины, каолин и кварцевые стекольные пески. Месторождения строительных материалов, составляющие группу общераспространенных полезных ископаемых, распространены значительно шире.[8]
По торфяным ресурсам область занимает второе место в России. Используются они крайне ограниченно, как и сопутствующие торфу попутные полезные ископаемые озерно-болотного генезиса — фосфаты, карбонаты и озерный сапропель. Малоизученными и невостребованными остаются бурые угли, представляющие собой ценное химико-технологическое и энергетическое сырье. Первоочередными объектами для промышленного освоения являются Таловское и Туганское (вскрыша россыпи) буроугольные месторождения.[9]
Большие ресурсы пресных подземных вод Западно-Сибирского артезианского бассейна и отчасти трещинных вод протерозойско-палеозойских образований фундамента (на юге области) служат главным источником хозяйственно-питьевого водоснабжения. На территории области разведано 31 месторождение пресных подземных вод, в том числе 21 — в пределах артезианского бассейна. В глубоких горизонтах мезозойских отложений платформенного чехла развиты минеральные и термальные воды, а также промышленные воды нефтегазоносных отложений, содержащие повышенные концентрации ряда ценных компонентов. Для лечебно-куротных целей разведаны 4 месторождения минеральных вод.[10]