Сравнение диаграмм занятие сомнительное. Что Excel, что Word - они совместимы друг с другом, из одного можно экспоритровать в другой без проблем. Но все же постараемся выделить плюсы и минусы.
Плюсы: быстрота построения. То есть прямо "на коленке" можно сделать диаграмму не прибегая к сторонней помощи. Делаешь доклад и прямо тут же делаешь диаграмму.
Минусы: урезанный функцианал. Для построения все же лучше использовать Excel (все таки Word это текстовый процессор и полноценного функционала для построения диаграмм от него не стоит ожидать)
Да собственно и все. Больше никакой разницы нет.