Скелет : у костных рыб хорда замещается костным скелетом, позвоночник раздёлён на позвонки, у хрящевых хорда сохраняется в течении всей жизни в виде эластичного тяжа.
Насчёт головы : у костных рыб есть череп с челюстями, у хрящевых костного черепа нет.