Молекулы не покидают атмосферу из-за того, что для того, что бы покинуть планету, нужно преодолеть действующую силу тяжести, чтобы объект вышел на геоцентрическую орбиту необходима первая космическая скорость, для того. чтобы покинуть эту орбиту - вторая космическая скорость (конкретно для нашей планеты, т.к. ускорение свободного падения на всех планетах разное).
Соответственно, в атмосфере молекулы удерживает сила тяжести, действующая на них.
Атмосфера не оседает на поверхности Земли из-за беспорядочного и непрерывного движения частиц (молекул), они ударяются о планету, объекты, находящиеся на ней, сталкиваются друг с другом, в результате чего разлетаются в разные стороны.