Площадь озера Зайсан – 1810 км². В 60 км к востоку проходит китайская граница. Также на восточном берегу впадает в озеро река Черный Иртыш. Длина озера составляет 105 км, а ширина около 22-48 км, наибольшая глубина – 15 м. Высота озера относительно уровня моря – 420 м.