Сын казачьего сотника Михаила Хмельницкого, убитого в 1620 г. в битве с турками при Цецоре. Богдан также участвовал в этой битве и попал в плен, из которого освободился лишь два года спустя. Вскоре Хмельницкий получил звание войскового писаря.
По тому времени Хмельницкий получил достаточное образование в иезуитской школе, однако в ходе учебы он не сделался ни католиком, ни поклонником Польши.
Хмельницкий был лично известен королю Владиславу, совершил вместе с ним поход под Москву и не раз бывал в Варшаве доверенным лицом от казаков. Король Владислав мог вполне положиться на него. Паны, фактические правители Польши, не доверяли королю, подозревая его в стремлении нарушить конституцию и усилить собственную власть. Хмельницкого они ненавидели, считая его способным стать орудием замыслов Владислава. Хмельницкий отвечал панам тем же.
Однажды Чигиринский подстароста Чаплинский отнял у Хмельницкого его последнее достояние — хутор Суботово, высек его десятилетнего сына, который вскоре от этого умер, и, согласно некоторым сведениям, похитил жену Богдана. В судах Хмельницкий не нашел управы на своего врага.