Під тиском ворога литовці були змушені укласти 1569 року Люблінську унію з Короною Польською, об'єднавшись в одну федеративну державу — Річ Посполиту. Московське царство ж, що намагалося закріпити свої успіхи в Лівонії, 1570 року створило на завойованих землях власний протекторат — Лівонське королівство. Того ж року проти Московського царства виступила Швеція й завдала їй поразок на московській території. 1578 року союзне польсько-литовсько-шведське військо розбило московитів у битві під Венденом, внаслідок якої Москва втратила наступальну ініціативу у війні. Союзники вторглися у володіння неприятеля й взяли у облогу Псков.
1582 року московський цар Іван Грозний здався Речі Посполитій на умовах Ям-Запольського миру, відмовившись від усіх завоювань в Лівонії та Полоцьку. 1583 року Москва підписала Плюсський мир зі шведами, які отримали Інгрію та північну Лівонію з Естонським герцогством. Внаслідок війни припинила існування Лівонська конфедерація, землі якої опинилися розподіленими між Річчю Посполитою, Швецією і Данією-Норвегією. Річ Посполита і Швеція поступово стали лідерами регіону, а Московське царство вступило у тривалу політично-економічну кризу.