В течении долгого времени происходило вмешательство человека в генотип животных путём скрещивания разных особей. В отдельных случаях скрещивание было как раз направлено на получение животных с различными видами окраски.
Помимо этого, у животных бывают разные виды. И разные виды одного и того же животного могут обитать в различных условиях, чем и будет обусловлена разница в окраске их шерсти, например.